Les secrets de votre ADN sont à votre portée

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En 2007, Steve Jobs avait déboursé pas moins de 700.000 dollars pour faire analyser la séquence ADN de son cancer du pancréas. Aujourd’hui, si l’on veut en savoir plus sur notre prédisposition à certaines maladies ou l’origine de nos ancêtres, cela ne coûte que quelques centaines d’euros.

J’ai (presque) 34 ans et j’ai fait séquencer mon ADN pour la première fois. J’ai notamment appris que j’avais une prédisposition plus élevée que la moyenne à éprouver de manière durable des états émotionnels négatifs (not surprised at all) tels que l’anxiété ou la déprime, que j’avais des origines vikings, que j’étais globalement dans la moyenne de ceux qui se lèvent tôt (là, je ris) et que ma mère avait probablement fumé pendant sa grossesse (shame on you, mom). Certains résultats me parlent, d’autres pas du tout. Mais quoi qu’il en soit, j’en ai appris un peu plus sur moi en "écoutant" ce que mon ADN avait à me dire. Le tout sans trop d’effort: un petit peu de salive, près de 200 euros, beaucoup de patience, et un petit outil belge: Gene Plaza.

Gene Plaza est une plateforme qui met en relation des individus ayant accès à leur génome avec des fournisseurs de rapports génétiques. Pour les individus n’ayant pas encore accès à leur génome, la plateforme propose un service de séquençage. Gene Plaza est, en quelque sorte, une émanation de InSilico DB, une spin-off de l’ULB et de la VUB, cofondée en 2012 par Alain Coletta, docteur en bio-informatique. La société a levé au total deux millions d’euros, auprès de business angels de renom comme Jean Stéphenne (ancien de GSK Biologicals), Désiré Collen (ancien de ThromBogenics), Pierre Rion, ou encore Jean-Marie Delwart.

InSilico DB est utilisée par des chercheurs académiques ou non académiques qui analysent les données génomiques. "Les données génomiques sont très volumineuses et difficiles à interroger. InSilico DB permet de poser facilement les premières questions avant de chercher plus loin, de requérir l’aide d’un expert", explique son cofondateur Alain Coletta. Avec plus de 13.000 scientifiques enregistrés, InSilico DB est rapidement devenue une des plus grandes plateformes au monde, mais la société n’est jamais parvenue à monétiser la plateforme. "En 2015, nous sommes allés aux États-Unis pour trouver des investisseurs institutionnels mais, à l’époque, toute l’attention était tournée vers le consommateur", se souvient le chercheur.

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Démocratisation fulgurante

Au retour, Alain Coletta réalise qu’il est finalement plutôt bien placé pour se lancer sur le marché du B to C. "On avait ces 13.000 scientifiques qui pouvaient potentiellement être activés. Et surtout, il n’y avait pas de concurrence en Europe." Aujourd’hui, de plus en plus de sociétés américaines proposent leurs services en Europe, mais la technique utilisée (le Microarray) et le modèle économique qu’elle suppose impliquent généralement de céder ses données à des sociétés privées. Cela permet évidemment de faire baisser les coûts à charge du consommateur, mais à quel prix? "Concrètement, ils ont tous les droits sur vos données. Potentiellement, cela voudrait dire qu’ils pourraient même vous cloner", sourit malicieusement Alain Coletta.

Les prix diminuent, mais c’est surtout la connaissance génétique qui est en train d’augmenter.
Alain Coletta
Docteur en bio-informatique

Il est d’autant moins nécessaire de "vendre" ses données que le prix du séquençage a fortement diminué ces dernières années. "Au début des années 2000, le premier séquençage avait coûté 3 milliards de dollars. Sept ans plus tard, Steve Jobs se faisait séquencer pour la première fois. Il a payé 700.000 dollars. Ensuite, en 2015, on était déjà à 5.000 dollars et aujourd’hui, cela coûte moins de 1.000 dollars par génome." La démocratisation rapide du séquençage ADN est en grande partie liée à l’évolution de la technologie. La fameuse pipette a été reléguée aux oubliettes, les machines ont automatisé le processus, le volume s’est accéléré, la vitesse de traitement aussi.

Contrairement à des sociétés américaines comme 23andMe, Gene Plaza insiste sur le fait qu’elle n’est pas propriétaire des données de ses utilisateurs. "Notre modèle consiste à donner le plus de contenus possibles à nos utilisateurs. Les prix diminuent, mais c’est surtout la connaissance génétique qui est en train d’augmenter. Il y a de plus en plus d’études d’association et elles sont de plus en plus grandes. Au début, c’étaient des études avec des échantillons de 1.000 personnes, maintenant on parle de 500.000 personnes".

Un petit peu de salive et beaucoup de patience

Concrètement, comment ça marche? Soit vous disposez déjà des données de votre ADN via une autre société comme 23andMe, Ancestry ou Gencove.Vous les téléchargez sur la plateforme de Gene Plaza et vous avez accès à une série d’applications génétiques dont les prix varient entre 0,99 euro et 14,99 euros. Soit vous commandez un kit de prélèvement de salive (145 euros), vous le recevez dans les 3 à 10 jours par la poste et vous faites le test chez vous. Attention à bien lire le mode d’emploi: il est, par exemple, proscrit de boire, manger, chiquer ou fumer trente minutes avant le prélèvement.

Mon adn en détail

Selon les résultats obtenus, mes ancêtres proviennent à 69,9% du Nord-Ouest de l’Europe (Écosse, Islande, Norvège), à 24,6% du Sud-Ouest de l’Europe et à 2,3% des pays slaves comme le Bélarus, l’Estonie, la Lituanie ou la Russie. Un petit pourcentage est défini comme "ambigu". Niveau prédispositions médicales, j’ai manqué de bol à la loterie génétique. Par rapport à la moyenne, j’ai beaucoup plus de probabilités de me casser un poignet, de développer des varices ou des problèmes veineux à l’extrémité de mes membres, mais également d’avoir des problèmes cardio-vasculaires ou de faire de l’hypertension. Niveau style de vie, ce n’est pas top non plus. Je dépasse également la moyenne sur les points suivants: je bois de l’alcool pendant les repas, je ronfle comme un camion, je fuis l’exercice physique… Et bien sûr, je fume (mais ça, c’est un peu vrai). Côté facteurs psychosociaux, je suis servie aussi. Merci. Par exemple, par rapport à la moyenne de l’échantillon, j’ai plus de prédispositions aux sauts d’humeurs ou à la nervosité. Plus de chances aussi de voir un psy (mais ça semble être un corollaire évident, non?). En revanche, je suis moins sujette que certains à la solitude et à l’isolement. Aussi, je suis moins prédisposée que la moyenne à éprouver de la culpabilité, à prendre des risques, ou m’embarrasser trop longtemps après avoir fait une bêtise. Mon sentiment général? J’ai hâte de savoir ce que je serai dans 10 ou 20 ans, parce que j’espère vraiment que mon ADN s’est planté.

 

Une fois le fameux coton-tige dûment imprégné de salive, on le replace soigneusement dans l’éprouvette graduée. Et on le renvoie par la poste. Après un premier contrôle de qualité à Bruxelles, Gene Plaza envoie ensuite le prélèvement de salive anonymisé dans un laboratoire. "Avant, nous travaillions avec un laboratoire gantois mais désormais, nous envoyons les prélèvements à New York, commente Coletta. Tout est balisé dans les contrats pour rester dans les normes européennes."

À New York, le laboratoire extrait l’ADN de la salive et le soumet à une machine de séquençage. À partir de ce moment-là, le protocole prend 4 semaines. "On peut aller plus vite, on peut le faire en cinq jours, mais c’est beaucoup plus cher. La machine de séquençage ne fonctionne pas à sa capacité maximale. C’est comme des autoroutes en somme. On peut acheter la priorité de passage ou on peut attendre qu’il y ait de l’espace", résume-t-il.

Ceci n’est pas un diagnostic

Quand le séquençage est terminé, l’utilisateur reçoit un e-mail confirmant que les données sont disponibles. Il se rend alors sur le site de Gene Plaza où il choisit les applications génétiques qui l’intéressent. Aujourd’hui, il en existe une dizaine et Gene Plaza essaie d’en rajouter une nouvelle tous les trois mois. Ces applications sont développées en interne pour la plupart. "Il est difficile d’aller chercher des scientifiques et des développeurs externes s’il n’y a personne sur la plateforme. Or, le site a été lancé en juin et aujourd’hui, il n’y a que 5.000 personnes enregistrées", explique encore Alain Coletta.

Parmi ces applications génétiques, on en trouve sur les origines ethniques, la métabolisation du café, la perception des odeurs ou encore la prédisposition au neuroticisme. "Il y en a une pour les ancêtres modernes, une autre pour les ancêtres anciens qui compare l’ADN des utilisateurs avec l’ADN de restes récupérés dans le cadre de recherches anthropologiques", détaille Coletta. Il y en a encore une où l’on a pris 1.000 personnes issues de différentes ethnies dans le monde (Asie, Amérique du Nord…) qui représentent chacune un point placé dans un PCA (Principal Component Analysis ou Analyse en Composante principales, NDLR.). L’application permet de vous situer par rapport à ses 1.000 personnes."

Récemment, Gene Plaza a mis à la disposition de ses utilisateurs une nouvelle application, baptisée 500k, basée sur les résultats d’une étude de UK Biobank. Elle permet de dégager certaines prédispositions sur la base de questions sur l’historique médical/santé de 500.000 personnes. "Ces 500.000 personnes ont répondu à une série de questions médicales, sociales, familiales. On y répond soit via un touchscreen, soit via une interview avec un expert. S’il y a des variants enrichis sur une question particulière, cela permet de faire avancer la compréhension. On essaie de comprendre, par exemple, pourquoi les personnes qui ont ces variants ont une voiture rouge", explique Alain Coletta.

C’est la première fois que Gene Plaza développe une application de prédisposition des maladies ou problèmes de santé. Jusqu’à présent, elle souhaitait éviter les questions difficiles. "C’est souvent très complexe à expliquer à l’utilisateur. Il faut leur expliquer clairement que ce n’est pas un diagnostic. Une prédisposition ne signifie pas qu’on va avoir la maladie, et ce n’est pas parce qu’on n’est pas prédisposé qu’on ne va jamais l’avoir. Et cela, il faut que les gens le comprennent", insiste-t-il assez lourdement.

Une prédisposition ne signifie pas qu’on va avoir la maladie, et ce n’est pas parce qu’on n’est pas prédisposé qu’on ne va jamais l’avoir.
Alain Coletta
Docteur en bio-informatique

Selon Coletta, c’est l’une des raisons qui avait poussé la FDA (Food and Drug Administration, l’Agence américaine des produits alimentaires et médicamenteux), à ne pas autoriser 23andMe à vendre des tests génétiques de prédisposition à certaines maladies en 2013. "L’autre raison, c’est que 23andMe possède un modèle où ils font un reporting sur un variant égale un trait. Mais en réalité, il y a toute une série de variants qui fait qu’on est prédisposé à un trait. Nous, on intègre tout un modèle génétique et on corrige pour l’ethnicité. On implémente ensuite le modèle génétique et on donne un résultat."

Avec sa plateforme, le cofondateur de Gene Plaza aimerait également encourager la recherche. "Aujourd’hui, si les chercheurs veulent faire de la recherche, ils doivent trouver des utilisateurs et payer leurs tests génétiques. Ces études ne sont finalement faites que sur des sujets qui ont un certain retour sur investissement. Cela signifie que toutes les maladies orphelines ou celles qui présentent un peu moins d’intérêt passent à la trappe", regrette Coletta.

À terme, Gene Plaza aimerait encourager ses utilisateurs à partager leurs données avec la recherche, mais de façon très graduée. Un chercheur pourrait, par exemple, demander à la plateforme combien d’utilisateurs, selon tel ou tel critère, seraient disposés à partager leurs données pour une étude spécifique. De son côté, l’utilisateur pourra niveler son degré de consentement.

Science ou gadget?

En règle générale, les tests génétiques vendus directement aux consommateurs sont disponibles en ligne en vente libre via des sociétés privées. Les résultats indiquent que le risque individuel de développer un trouble médical est inférieur à la moyenne, dans la moyenne ou supérieur à la moyenne. Par exemple, par rapport à la moyenne, mon risque d’avoir une fracture au poignet est nettement supérieur.

Cette moyenne et mon rapport à elle proviennent d’études d’association pangénomique qui comparent de grands groupes d’individus (témoins non affectés versus individus présentant des symptômes d’une maladie spécifique) dans le but de faire la distinction entre les modifications non nocives du code ADN et les modifications pathogènes causant ou prédisposant à certaines maladies.

Le polymorphisme nucléotidique (SNP en anglais) est le type le plus commun de variation génétique. Chaque SNP représente une différence dans un seul bloc de construction de l’ADN, le nucléotide. Les SNP se produisent normalement dans le génome d’une personne environ une fois sur 300 nucléotides. Il y a donc environ 10 millions de SNP dans le génome humain. Bien entendu, les variations génétiques ne tiennent pas compte de l’environnement géographique, social, etc.

Dès lors, quelle valeur accorder aux résultats fournis par ces applications? Réponse: ça dépend des applications. "Quand il n’y a pas assez de compréhension génétique -c’est le cas, par exemple, pour l’application qui mesure le QI- , c’est clairement ‘moins scientifique’. Mais dans certains cas, la valeur discriminante de l’application est très forte, juge Alain Coletta. Par exemple, le chronotype, c’est super intéressant. On associe toujours les gens qui se lèvent tôt à des gens qui travaillent plus, sont super dynamiques, mais ce n’est pas vrai du tout. À l’inverse, les gens qui se lèvent tard sont considérés comme des fainéants et ce n’est pas vrai non plus. La société n’en prend pas compte. Actuellement, on avantage les gens qui se lèvent tôt. Mais si on tenait compte du chronotype pour faire passer en début d’après-midi un examen à un enfant qui est un lève-tard, on favoriserait davantage l’équité", conclut-il.

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