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Notre agriculture est-elle en train de nous tuer?

Des experts sanitaires désinfectent un marché d'animaux vivants à Bangkok, pour lutter contre la propagation du coronavirus. ©Photo News

L’émergence de plus en plus fréquente des épidémies remet en question notre modèle agricole. Plonger dans l’histoire des crises sanitaires, c’est parcourir un univers où la catastrophe n’est jamais loin. Certains scientifiques parlent de loterie. Le monde, cette fois, a pris le mauvais ticket.

Revenons d’abord au commencement: ce Sras-CoV-2, responsable de la maladie Covid-19, d’où vient-il? Eh bien, on n’est encore sûr de rien. "La seule chose qu’on sait, c’est l’homologie du virus avec ceux qu’on trouve chez les chauves-souris, et qu’il y a un certain de nombre d’informations génétiques qui semble confirmer le passage par le pangolin", nous résume l’épidémiologiste Marius Gilbert (ULB). "Ça se rapprocherait assez fort d’un scénario qu’on avait vu avec le Sras en 2003 où il y avait aussi une origine liée à la chauve-souris et un intermédiaire qui était la civette. Mais ce n’est qu’un faisceau de présomptions, il n’est pas impossible qu’on se rende compte que le virus ait circulé dans d’autres populations que les marchés chinois à animaux vivants."

Le premier suspect dans la ligne de mire est l’un de ces fameux marchés chinois où se vendent des animaux vivants. Un mode de consommation qui choque en Occident, mais une pratique répandue en Chine.

Une chose est sûre pourtant: le virus est bien passé de l’animal à l’homme, une transmission qu’on appelle zoonose. Il ne vient donc pas d’un laboratoire. "Les données génétiques montrent irréfutablement que le Sras-CoV-2 n'est dérivé d'aucune ligne de virus précédemment utilisée", explique une étude dirigée par l’expert en maladie infectieuse Kristian Andersen (Scripps Research Translational Institute), publiée le mois dernier dans la revue Nature Medicine. "Au lieu de cela, nous proposons deux scénarios qui peuvent expliquer de manière plausible l'origine du Sras-CoV-2: (1) sélection naturelle chez un animal hôte avant le transfert zoonotique (préadaptation du virus avant son transfert chez l’homme, NDLR); et (2) sélection naturelle chez l'homme après un transfert zoonotique (adaptation du virus au cours de transmission homme à homme non détectée, NDLR)."

Et le premier suspect dans la ligne de mire est l’un de ces fameux marchés chinois où se vendent des animaux vivants. Un mode de consommation qui choque en Occident, mais une pratique répandue en Chine. Les raisons? Elles sont historiques et culturelles, liées à des craintes de la chaîne du froid: les personnes achètent les animaux vivants pour qu’ils soient abattus soit sur le marché même, soit chez eux le jour-même.

Et les pangolins, civettes et autres chauves-souris, que font-ils là? Ici aussi, la tradition a tracé son sillon. "Dans le courant des années 1990, après l’apparition des productions intensives de volailles, de petits producteurs se sont réorientés vers l’élevage d’espèces traditionnellement chassées", nous explique la géographe de la santé Sophie Vanwambeke (UCLouvain). "Cela a créé des écosystèmes qui se sont trouvés dans des zones marginales où il y a plus de contacts avec le milieu d’animaux sauvages. Ce n’est pas particulier à la Chine, on retrouve ce type d’activités dans différents endroits du monde, en Asie mais ailleurs aussi."

Une promiscuité entre humains et animaux qui pose question aujourd’hui. Car si la zoonose se confirme dans le cas du Covid-19, elle rajoute une nouvelle occurrence à ces apparitions d’épidémies animales potentiellement mortelles pour l’espèce humaine.

On a échappé à pire

Marchés traditionnels toujours, ceux qui ont généré le virus de la grippe aviaire H7N9 ont eu un parcours plus inquiétant encore, probablement évité de justesse. C’était en 2013, dans un marché de volailles traditionnel au cœur du district de Minhang, à Shanghai. C’est là que les autorités chinoises détectent les premiers cas de contamination humaine du H7N9. Le virus se transmet de l’animal à l’homme, mais ne se transforme pas en une contamination d’homme à homme: l’épidémie reste localisée auprès de ceux qui sont en contact direct avec les poulets infectés. Elle n’en génère pas moins son lot de morts. Quelques centaines de cas d’infection sont répertoriés la première année, même chose en 2014, 2015 puis en 2016. "Depuis 2013, plus de 1.520 cas humains d'infection par le virus H7N9 ont été signalés, principalement dans l'est de la Chine, avec un taux de mortalité variant de 30% à 40%", indique une étude publiée en 2018 par Marius Gilbert sur le site des Centers for Disease Control and Prevention, l’agence de surveillance fédérale américaine pour la protection de la santé publique.

"Le virus H7N9 a circulé pendant plusieurs années avec un risque de pandémie. La plupart des gens n’en ont pas eu conscience, mais c’était un risque."
Marius Gilbert
Epidémiologiste (ULB)

Les autorités chinoises désinfectent, détruisent les foyers, mais ne vaccinent pas. "Chaque personne infectée", explique l’épidémiologiste, "était une probabilité supplémentaire que ce virus mute ou fasse un réassortiment viral, qu’il se combine avec le virus de la grippe saisonnière par exemple, en en faisant un virus pathogène et transmissible d’homme à homme." La Chine n’a décidé de faire de la vaccination de masse que quand ce virus est devenu hautement pathogène, et donc menaçait le secteur de la production de volaille. "C’est donc pour des raisons économiques qu’ils l’ont fait, pas pour des raisons pandémiques. En attendant, ce virus a circulé pendant plusieurs années avec un risque de pandémie. La plupart des gens n’en ont pas eu conscience, mais c’était un risque." Un risque colossal: la mortalité est dix fois plus élevée que la pandémie de coronavirus que nous connaissons aujourd’hui.

L'Europe? Pas mieux!

La Chine n’a pas l’apanage des crises. Nos industries agricoles sont saturées, et peuvent contribuer aussi à l'émergence de maladies. Mis régulièrement en cause par la communauté scientifique, les modèles d’élevage intensif sont particulièrement exposés dès qu’un virus pointe le bout de son nez. Et ce, pour quatre raisons. D’abord, l’homogénéité génétique de nos élevages: les individus sont sélectionnés pour certaines caractéristiques de production comme la taille, le taux de croissance, etc. Le taux de contact, ensuite, très élevé dans des espaces particulièrement confinés. Troisième raison, le problème "all in, all out": dans nos systèmes intensifs, dès qu’une maladie décime un élevage, on le remplace par une nouvelle production de même patrimoine génétique; en gros, on ranime le feu avec le même combustible. Enfin, les transports: ils affaiblissent les élevages et véhiculent les maladies. La propagation internationale de la peste porcine africaine a été fortement facilitée par le commerce d'animaux et de produits.

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Et ces transports sont en augmentation. Selon une étude menée dans l’équipe de Marius Gilbert, les échanges à l’intérieur de l’Union européenne ont été démultipliés au cours des dernières décennies, passant de quelque 4,7 millions de têtes échangées annuellement en moyenne dans les années 1980 à plus de 29 millions de têtes dans les années 2010. "Il y a quelques années, l’Allemagne a abaissé ses prix de salaire minimum pour stimuler l’emploi", se souvient l’épidémiologiste. "Ça s’est traduit par un coût d’abattage de porcs bien inférieur que ceux pratiqués au Danemark. Des camions entiers de porcs partaient du Danemark pour être abattus en Allemagne et profiter de la main-d’œuvre bon marché, ensuite les produits étaient remontés vers le Danemark pour être commercialisés."

Avons-nous également eu des épidémies potentiellement transmissibles à l’homme? Oui, mais sans véritable zoonose jusqu’à présent. Pour l’instant du moins. Non loin de chez nous, il y a eu cette grippe aviaire hautement pathogène H7N7 en Hollande en 2003. Elle a pris forme dans une zone humide et une production intensive très active. Cette année, la Flandre a connu un autre cas, mais faiblement pathogène. Le mois dernier, c’était en Allemagne.

Vers un lancer de dés en trop?

Les occurrences se suivent donc, et ne se ressemblent pas. Sont-elles plus fréquentes? "On ne sait pas s’il y en a plus ou si on en détecte plus", continue Marius Gilbert, "car notre faculté de détection a augmenté avec le temps. Mais il y a toutes les raisons de penser que l’augmentation du nombre d’émergence de grippes aviaires hautement pathogènes est liée à l’intensification elle-même des systèmes agricoles." "Ce qui est nouveau aujourd’hui, c’est le type d’opportunités qui permet à ces phénomènes d’apparaitre et le nombre de ces opportunités qui augmentent, renchérit Sophie Vanwaambeke. Si on compare cela à un lancer de dés, la particularité de notre époque, c’est que ces lancers de dés sont particulièrement nombreux à la faveur de l’évolution des modes de production d’aliments d’origine animale dont le volume a beaucoup augmenté sur les dernières décennies."

"Nous sommes peut-être maintenant confrontés à la ‘troisième transition épidémiologique’, où un nombre croissant de parasites (y compris les agents pathogènes) émergent ou réapparaissent."
Adèle Mennerat
Evolutionniste ((université de Bergen, Norvège)

Notre époque serait même une époque charnière. Une étude menée par l’évolutionniste Adèle Mennerat (université de Bergen, Norvège) fait le bilan épidémiologique de l’espèce humaine et de ces transmissions zoonotiques. Elle a été publiée dans la revue Evolutionnary Biology en 2010, soit un an après la grippe dite "mexicaine" H1N1 issue d’élevages de porcs. "Depuis l'expansion des populations humaines, et en particulier avec la révolution agricole (il y a environ 10.000 ans), l'activité humaine a entraîné une diversité et une gravité accrues des maladies. Ce phénomène est généralement connu comme la 'première transition épidémiologique'. (…) La 'deuxième transition épidémiologique' a suivi la révolution industrielle et s'est caractérisée par une baisse spectaculaire de la mortalité liée aux maladies dans les populations humaines. Nous sommes peut-être maintenant confrontés à la 'troisième transition épidémiologique', où un nombre croissant de parasites (y compris les agents pathogènes) émergent ou réapparaissent."

Et le monde en est conscient. Peu après la crise du Sras en 2003, l’Europe a fondé le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies. Basée à Stockholm, l’institution suit aujourd’hui de près l’évolution de la pandémie du Covid-19. Cette structure s’intègre dans le protocole One Health, une initiative mondiale créée au début des années 2000. Le protocole vise à promouvoir une approche unifiée de la santé humaine et animale, mettant en contact médecins, vétérinaires, scientifiques autour de ces maladies émergentes. Mais les années passent, et les véritables changements se font attendre. "Il y a eu des progrès", commente Marius Gilbert, "mais on est très loin du compte parce qu’on se heurte toujours et malgré tout à des logiques économiques. Tant qu’on n’internalise pas le risque épidémiologique et le coût environnemental des modes de production, il est très difficile d’opérationnaliser ces concepts et de changer les pratiques."

"Une chose est sûre", conclut Sophie Vanwambeke, "nous ne sommes pas les victimes innocentes d’événements extérieurs. La plupart de ces phénomènes sont bien le résultat des actions de l’espèce humaine."

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