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Comment l'ULiège a pris la tête de la chasse au coronavirus

Installé dans le laboratoire de génétique moléculaire né durant la crise de la vache folle, le labo Covid de l'Université de Liège s'est étendu au rez-de-chaussée de la Faculté de médecine vétérinaire. Il occupe 24 personnes. ©Valentin Bianchi / Hans Lucas

Tout est parti d'un geste de solidarité, en mars. Et d'une trouvaille namuroise. Il n'en a pas fallu plus pour que l'Université de Liège se jette corps et âme dans la bataille du "testing". En innovant, et en se réinventant. On vous raconte.

C'est l'histoire d'une course, contre un virus qui semble perpétuellement avoir un coup d'avance; à moins que ce ne soit la réponse qui affiche un retard permanent, malgré les trésors d'imagination déployés et les efforts d'anticipation.

C'est l'histoire d'une recette de cuisine, où tout, littéralement tout, viendrait à manquer. "Vous voulez cuisiner un rôti, illustre Laurent Gillet, vice-doyen à la recherche de la Faculté de médecine vétérinaire de l'ULiège. Vous avez acheté le rôti, mais en cours de route, tout vient à manquer. Le couteau, la planche, le sel, tout."

"Vous voulez cuisiner un rôti. Vous avez acheté le rôti, mais en cours de route, tout vient à manquer. Le couteau, la planche, le sel, tout."
Laurent Gillet
Vice-doyen à la recherche de la Faculté de médecine vétérinaire de l'ULiège

C'est un roman d'aventures, brodé de rebondissements à même de faire passer Tintin pour Oui-Oui, de coups de poker et de planètes alignées.

Voici comment, de mars jusqu'à ce désolant mois d'octobre, l'Université de Liège s'est jetée corps et âme dans la lutte contre le coronavirus. Avec cette obsession: tester, toujours plus et mieux.

Un élan de solidarité

Cela a démarré par un élan de solidarité, sans lien aucun avec les tests. Nous sommes en mars 2020 et le Covid menace d'avoir raison du CHU de Liège. "Nos chercheurs ont arrêté leurs travaux, se souvient Fabrice Bureau, vice-recteur à la recherche de l'ULiège. Gants, masques, désinfectants: l'université a rassemblé tout ce qu'elle pouvait pour le donner au CHU. Il y avait des millions de masques, ce n'était pas rien! Peut-être cet épisode aura-t-il été le déclic d'une entreprise civique."

Namur allume la mèche

Le coup d'envoi sera tiré par l'UNamur, à la mi-mars. "Benoît Muylkens est le premier chercheur à avoir pris cela au sérieux, salue Fabrice Bureau. Alors que la capacité des plus gros laboratoires de biologie clinique agréés plafonne à quelque 40 tests par jour, l'UNamur ressuscite une vieille technique manuelle." Permettant de s'affranchir de produits réactifs déjà en pénurie. Et de grimper à 480 tests par jour. Un bond.

C'est là que Liège entre dans la danse, aiguillée notamment par un coup de téléphone de la ministre wallonne de la Santé, Christie Morreale (PS). Façon: "Dites, Liège, ne pourriez-vous pas faire comme Namur?" C'est là que le niveau de cogitation a grimpé en flèche, pour ne plus redescendre.

2.000 par jour, soyons fous!

Faire comme Namur? L'option est sur la table. C'est sans compter sur cette bonne vieille émulation universitaire. "On s'amuse à vouloir faire mieux. Et on part sur une idée un peu folle: des tests, on va en faire 2.000. Si on sait en faire 500, on sait en faire 2.000. Soyons imaginatifs!"

"On part sur une idée un peu folle: des tests, on va faire 2.000 par jour. Si on sait en faire 500, on sait en faire 2.000. Soyons imaginatifs!"
Fabrice Bureau
Vice-recteur à la recherche de l'ULiège

Le protocole namurois nécessite une bonne vingtaine de personnes? Pourquoi ne pas recourir à l'automatisation? Et pour s'affranchir de la pénurie des réactifs commerciaux, l'Université de Liège se dit qu'elle va fabriquer ses propres produits. Anticipation, production.

Quatre grandes étapes

À ce stade, une parenthèse technique s'impose. Quelle est la vie d'un test PCR, petit nom de la réaction en chaîne par polymérase? Elle se résume en quatre phases.

Un: prélèvement par écouvillon nasopharyngé, ce coton-tige géant qui vient vous chatouiller le cerveau via la narine. Deux: on inactive le virus dans le prélèvement. "Une étape complexe, qui doit se faire en laboratoire de haute sécurité", glisse Laurent Gillet. Trois: de la "soupe" inoffensive qui reste dans le tube, on extrait le matériel génétique viral (ARN). Quatre: c'est le stade de la PCR à proprement parler, revenant à amplifier ce matériel génétique viral, afin de le mettre en évidence.

La faille, c'est la phase trois, identifie-t-on à Liège. Elle qui nécessite ces réactifs d'extraction que tout le monde s'arrache. "C'est là que se situe alors le goulet d'étranglement."

Microbilles

Vient l'heure des choix. L'ULiège doit déterminer quelle est, selon elle, la meilleure technique d'extraction. "On a eu de la chance, parce qu'on a choisi la meilleure." Comment aller pêcher l'ARN qui nage dans la soupe au fond de son tube? Au moyen de microbilles magnétiques recouvertes de silice. "L'ARN est doté de la propension à se coller à la silice, explique Fabrice Bureau. On plonge donc ces billes dans la soupe, et on les récupère grâce à un aimant. Une technique assez peu employée dans le monde."

"On a eu de la chance, parce qu'on a choisi la meilleure technique d'extraction."
Fabrice Bureau
Vice-recteur à la recherche de l'ULiège

Ce qui fait que ces microbilles n'inondent pas vraiment le marché. "On s'est retournés vers nos chimistes, en leur demandant s'ils étaient capables de les fabriquer. Ils ont répondu oui." À vrai dire, c'est toute une filière de production que met en place l'ULiège, afin de fabriquer son "CoRNA kit", qui tient dans une grande boîte en carton.

Les machines prennent possession du laboratoire de génétique moléculaire, lancé durant la crise de la vache folle. Pari tenu: début avril, Liège tourne à 2.000 tests par jour. Depuis ce jour, la fourmilière Covid de l'ULiège ne s'arrête plus. Et occupe actuellement 24 personnes.

Les microbilles développées par l'ULiège lui ont permis de passer outre la pénurie de réactifs. Et de maîtriser sa chaîne d'approvisionnement. Oui, à l'œil nu, on dirait de la poussière. ©Valentin Bianchi / Hans Lucas

Allô? Ici Emmanuel André!

Dans la foulée, suite à un contact téléphonique avec Emmanuel André, l'université intègre début avril la plateforme fédérale de "testing", composée essentiellement de groupes pharmaceutiques. "Initialement, nous ne devions pas en être. Nous sommes en quelque sorte rentrés par la petite porte. Pour alimenter la machine en réactifs, et absorber 2.000 tests quotidiens."

Plateforme qui aura fait couler beaucoup d'encre, entre autres parce qu'elle s'est construite sans les laboratoires agréés. "C'est vrai qu'elle n'a pas réussi à atteindre ses objectifs. Mais en avril, si la Belgique a pu atteindre les 20.000 tests par jour, c'est grâce à elle, qui a réalisé l'essentiel du boulot durant le pic. Sans elle, allez savoir comment les choses se seraient déroulées." Au total, cette plateforme, toujours active même si en mode mineur, aura analysé pas loin de 900.000 échantillons, dont plus de 313.000 sont passés par Liège.

Le plastique, c'est fantastique

Faites sauter un verrou, et vous serez confrontés au suivant. Les chercheurs liégeois en savent quelque chose. Ces fameuses microbilles leur ont permis de se jouer de la pénurie de réactifs? C'est du côté des tubes et des boîtes en plastique utilisés au cours des manipulations que cela commence à craquer.

Qu'il s'agisse de puits, boîtes ou tubes, les tests consomment pas mal de plastique. ©Valentin Bianchi / Hans Lucas

Qu'à cela ne tienne. La démarche est la même. Quelque chose fait défaut? L'ULiège le produit. "Par contre, le plastique, ce n'est pas vraiment dans nos cordes." Liège fait appel à un partenaire wallon, MTU, à un jet de bille de Mouscron. De quoi assurer que l'étape trois ne redevienne pas problématique.

Simple comme un crachat

Tout cela nous mène au joli mois de juin. L'heure de souffler un coup? Pas le genre de la maison. Le tandem Bureau/Gillet est lancé. Entend continuer. Le goulet d'étranglement lié à l'étape trois est levé pour de bon? Pourquoi ne pas s'attaquer aux autres? "Comme cela, si une deuxième vague se forme, on aura tout en main, se dit-on alors", sourit Laurent Gillet.

"Comme on connaît la biologie moléculaire, mais aussi le plastique, on décide de marier les deux mondes."
Fabrice Bureau
Vice-recteur à la recherche de l'ULiège

Ce ne sont pas les freins qui manquent, dans la filière de tests: les phases un et deux répondent à l'appel. La phase un, c'est ce fameux prélèvement nasopharyngé, nécessitant l'intervention de personnel médical. "C'est douloureux; les gens rechignent à se faire tester." Quant à la phase deux, consistant à tuer le virus, elle implique une manipulation réservée à du personnel hautement qualifié.

Tant qu'à faire, Liège ambitionne de faire d'une pierre deux coups, et de briser ces verrous en même temps. "Comme on connaît la biologie moléculaire, mais aussi le plastique, on décide de marier les deux mondes."

C'est ainsi que naît le test salivaire made in ULiège. Puisqu'il s'agit de donner un peu de salive et pas de se faire décaper le nez, plus besoin de personnel médical pour le prélèvement. Finaude, l'ULiège compte sur la personne qui se teste pour tuer le virus. "Si on est contaminé, on peut tripoter son propre virus."

Voilà à quoi ressemble le dispositif liégeois servant à recueillir la salive pour le test Covid. ©Valentin Bianchi / Hans Lucas

Le dispositif est simple. Un entonnoir-doseur, avec un trop-plein. Un adaptateur. Un tube. Un bouchon avec liquide bleu, tueur de virus, dont l'opercule se déchire lorsqu'on le visse. Un bouchon étanche. Et une grosse étiquette barrée d'un code-barres. Une fois l'opération effectuée, l'échantillon rejoint la filière classique PCR, en sautant directement à l'étape trois.

Une usine, en deux mois

Simple, simple, encore faut-il le produire. En masse. Via son partenaire MTU, l'ULiège entre en contact avec la société KUM Technic, à Marloie. Qui est située juste à côté d'un hangar vide de 700 mètres carrés. Qui ne fuit pas comme les autres lorsqu'on lui explique le cahier des charges. Et répond: "Pas de souci, on va le faire."

"En deux mois, l'entrepôt vide s'est transformé en usine opérationnelle début septembre. Qui a dit qu'il ne se passait jamais rien en Wallonie?"
Fabrice Bureau
Vice-recteur à la recherche de l'ULiège

Il faut dire que chez KUM, on est déjà occupé sur une machine destinée au remplissage et à la pose d'opercules, pour une autre application. En deux mois, l'usine sort de terre. Et que j'adapte une machine. Et que j'en ramène d'autres d'Italie. Et que je dessine tous les plans.

"Cela tient presque du miracle, résume Fabrice Bureau. Il faut croire que les planètes étaient alignées. En deux mois, l'entrepôt vide s'est transformé en usine opérationnelle début septembre. Qui a dit qu'il ne se passait jamais rien en Wallonie?"

Pour l'heure, la production monte en puissance. Objectif actuel: 80.000 tests par jour. Capacité théorique: 140.000.

"Merdiques, nos tests?"

Depuis la fin septembre, l'université propose à son personnel et ses étudiants ce test salivaire. Participation volontaire, gratuite, anonyme et hebdomadaire. Des entreprises et des collectivités y ont recours. Submergé, le CHU de Liège s'y est également mis. Pour l'heure, le laboratoire Covid de l'ULiège tourne à 9.000 tests salivaires quotidiens, venant s'ajouter aux 6.000 écouvillons traités pour la plateforme fédérale.

Aux 6.000 tests quotidiens en provenance du Fédéral s'ajoutent 9.000 tests salivaires. ©Valentin Bianchi / Hans Lucas

Il y a toutefois un hic.

Ce test made in Liège n'est guère validé par les autorités. Ni remboursé par l'Inami. Pourquoi? "Il est moins sensible, admet Laurent Gillet. De 20 points. Un écouvillon présente une fiabilité de 80%, notre test, de 60%. Mais il peut se pratiquer sur nettement plus de personnes." Une sensibilité qui a déjà fait l'objet de critiques.

De quoi faire bondir Fabrice Bureau. "Merdiques, nos tests? Faisons un peu de mathématiques élémentaires." Prenez la population de l'ULiège, soit 30.000 personnes. "Et posons l'hypothèse d'une incidence de 1%. Une personne sur cent est malade, ce qui donne une population totale de 300 personnes infectées."

60%
Sensibilité
Le test salivaire liégeois présente un taux de sensibilité de 60%, contre 80% pour les écouvillons nasopharyngés.

Trois scénarios.

Dans le premier, on ne teste pas. Logiquement, on ne trouve rien. Réussite: 0%. Dans le second, on opte pour la technique la plus fiable, l'abominable coton-tige géant. "Mettons que l'on puisse mener 10.000 tests par semaine. C'est infaisable, mais soyons bons princes. Sur les 100 malades, on va en trouver 80%, soit 80." Pour le troisième, on utilise le kit liégeois. "Là, il est possible de mener 30.000 tests par semaine. Et 60% de 300 cas, cela en fait 180 détectés. C'est le meilleur résultat. Ajoutez à cela que plus on répète le test dans le temps, plus la fiabilité du processus s'améliore."

Ce n'est pas tout, ajoute Laurent Gillet. "Il est prouvé que pour une personne ayant une charge virale importante, on obtient quasiment les mêmes résultats par écouvillon ou salive. Ce n'est que lorsque le virus est très peu présent que cela décroche." Autre avantage: ce test ne coûte que 12 euros, contre 28 euros via la plateforme fédérale et 46,8 euros via un laboratoire.

"L'idée n'est évidemment pas de tester toute la population, mais de dérouler une double stratégie. D'un côté, décharger les hôpitaux. De l'autre, assurer le suivi de populations précises."
Laurent Gillet
Vice-doyen à la recherche de la Faculté de médecine vétérinaire de l'ULiège

C'est pourquoi l'ULiège a pris la plume et envoyé la semaine dernière une missive au ministre de la Santé, Frank Vandenbroucke (sp.a). "L'idée n'est évidemment pas de tester toute la population. Mais de dérouler une double stratégie."

D'un côté, décharger les hôpitaux. "L'autre jour, au CHU de Liège, il y avait une file de 8 kilomètres au village Covid, pour un taux de positivité de 10%. Et au bout de cinq heures de file, il y a des gens infectés qui se font refouler. Si toutes les personnes asymptomatiques pouvaient effectuer un test salivaire, cela éviterait d'engorger les soins de santé."

De l'autre, assurer un suivi régulier de populations précises. "Les plus fragiles. Et ceux en contact avec les plus fragiles, comme le personnel dans les hôpitaux ou les maisons de repos et de soins."

(Ctrl + C, Ctrl + V) * 7

Ce n'est pas la première fois que l'Université de Liège tente de convaincre le gouvernement fédéral. La première fois, cela avait fonctionné. Fin juin, elle frappait à la porte de Philippe De Backer (Open Vld), chargé de prendre la relève d'une Maggie De Block invisible. Avec une proposition dans sa besace.

Le tandem Gillet/Bureau n'est pas près de se reposer sur ses lauriers. ©Valentin Bianchi / Hans Lucas

"Si la plateforme fédérale a sauvé la mise de la Belgique en avril, il y a tout de même moyen de faire mieux", plaide alors Fabrice Bureau. Mieux, comme à Liège. "Nous avons entre les mains la bonne méthode; cela fonctionne." L'idée serait donc de dupliquer le laboratoire liégeois. Avec une subtilité: en associant, cette fois, un laboratoire agréé et une université.

Le concept est validé fin juillet. UAntwerpen, KUL, UGent, ULB, UCLouvain, UNamur et Umons: sept universités rentrent dans la danse afin de former cette plateforme "bis". Destinée à doubler la capacité de tests de la Belgique, ses premiers pas sont attendus pour le mois de novembre.

"Les marchés publics ne devraient pas avoir droit de cité durant la crise"

En première ligne dans la stratégie de "testing", l'Université de Liège a dû se frotter à de nombreuses reprises à la décision politique. Avec quel arrière-goût?

"On veut souvent me faire dire du mal du monde politique, rit Fabrice Bureau, vice-recteur à la recherche. Mais tout le monde fait des erreurs. Moi, ce que j’ai vu, ce sont des gens de bonne volonté et dans l’action; seuls ceux qui n’agissent pas ne commettent pas d’erreurs. J’ai beaucoup de respect pour les gens dans l’action, et peu pour les commentateurs. Je pense que chacun a fait comme il a pu. Et malgré les critiques, je rappelle qu’en avril, durant un jour ou deux, la Belgique était le pays qui testait le plus au monde, proportionnellement à sa population."

Non, pour que Fabrice Bureau se fâche, ce n’est pas personnalités politiques qu’il faut causer. Mais marchés publics. Alors là, c’est parti. "C’est un vrai coup de gueule. En période de crise, les marchés publics constituent les principaux freins à l’action. Si la plateforme 'bis' de tests n’est pas encore en ordre de marche, c’est uniquement à cause d’eux. Puisqu’il a été décidé de dupliquer notre laboratoire, il n’était pas nécessaire de se demander quelles machines acheter. Il fallait prendre celles qu’on utilise, nous. Quand on reproduit, on reproduit."

Mais non. Inconcevable dans un marché public. "On a dû rédiger un cahier des charges. Résultat, nous ne disposons pas encore des machines. Qui étaient disponibles en juillet, et que maintenant tout le monde s’arrache, au moment où nous les achetons. Moi, je suis un anarchiste réglementaire. Les marchés publics ne devraient pas avoir droit de cité durant la crise."

Anarchiste réglementaire? Au moment de commander les deux premières machines pour monter sa ligne de tests parallèle, nourrie aux échantillons salivaires, Fabrice Bureau a passé commande à son nom, pour un montant de 700.000 euros. "Que je n’avais évidemment pas. Nous avons régularisé tout cela en interne par la suite."

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