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Ce que l’on sait sur l’origine du Covid-19

Des membres de l'équipe de l'OMS chargée d'enquêter sur les origines du Covid-19 lors de leur arrivée à Wuhan, jeudi 14 janvier. ©AFP

Les enquêteurs de l'Organisation mondiale de la santé sont à Wuhan pour enquêter sur les origines du Covid-19. Plus d'un an après le début de la pandémie, il y a beaucoup d'hypothèses, mais peu de certitudes.

Le marché de Wuhan, son laboratoire de haute sécurité, les pangolins, les visons… une multitude de pistes, plus ou moins spéculatives, ont été lancées depuis un an pour débusquer l’origine du SARS-CoV-2, l'agent pathogène à l'origine du Covid-19. Alors que treize experts mandatés par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) sont enfin arrivés à Wuhan jeudi, et s’apprêtent au terme de leur quarantaine à enquêter sur le terrain, aucun suspect n’est définitivement écarté. À ce jour, résume l’immunologiste Eric Muraille (ULB), "on n’a pas d’informations pour conclure, juste de quoi bâtir des hypothèses".

La fuite de laboratoire, peu probable

Le scénario de la fuite d'un laboratoire a prospéré dans les discours complotistes - y compris celui du président américain sortant. Ceux qui cherchent un suspect tout désigné se tournent naturellement vers le laboratoire de haute sécurité de l’institut virologique de Wuhan, qui a été construit après l’épidémie de SRAS de 2002 (SARS-CoV-1), pour collecter, séquencer et étudier des coronavirus.

"Si on imagine que le SARS-CoV-2 est sorti d’un labo sans qu’on puisse le détecter, il faut aussi qu’il n’ait jamais été séquencé et partagé."
Éric Muraille
Immunologiste, ULB

A priori, rien ne permet aux experts d'écarter une sortie de laboratoire: "Tout est sur la table", indiquait en décembre à ce sujet l'une des membres de l'équipe, Marion Koopmans, interrogée par la revue Nature. Au sein de la communauté des experts, cette thèse a reçu une certaine attention quand une virologiste hongkongaise basée aux États-Unis, Li-Meng Yan, a affirmé devant des millions de téléspectateurs de Fox News avoir démontré que le virus avait été fabriqué. Un groupe de spécialistes a fait le travail de révision par les pairs auquel elle aurait dû se soumettre pour publier dans une revue sérieuse: pas la moindre preuve que le virus est artificiel.

À ce jour, rien ne suggère que le virus a pu être manipulé, mais rien ne prouve le contraire non plus. Des accidents sont déjà arrivés, rappelle Éric Muraille: "C’est extrêmement rare. Et si on imagine que le SARS-CoV-2 est sorti d’un labo sans qu’on puisse le détecter, il faut aussi qu’il n’ait jamais été séquencé ni les informations partagées, or les laboratoires civils en Chine partagent régulièrement leurs données avec la communauté scientifique internationale. Donc on pourrait imaginer une fuite accidentelle, mais ça multiplie les prérequis." 

Le vison, en tête des suspects

Si ce n’est pas l’homme qui a fabriqué ou cultivé le virus, c’est donc qu’il lui a été transmis par un animal. Le 23 janvier 2020, l’institut virologique de Wuhan annonce la découverte "d'un nouveau coronavirus associé" à l’épidémie de pneumonie qui sévit chez l'homme et suggère "son origine potentielle chez la chauve-souris". Le monde découvre le virus RaTG13, qui a été détecté sur une population de chauves-souris fer-à-cheval - Rhinolophus affinis (Ra) - à Tongguan (TG) en 2013. Son génome est à 96,2% identique au SARS-CoV-2 : ça en fait un cousin possible, mais pas un ascendant direct. L'hypothèse d'une contamination directe de la chauve-souris à l'humain n'est pas exclue, mais à ce jour, rien ne permet de la mettre en avant.

Les recherches se portent plutôt sur un animal intermédiaire, qui aurait contaminé l'humain après avoir été contaminé par la chauve-souris. C'est ce qui s'est passé avec le MERS-CoV, transmis par le dromadaire avant de tuer des centaines de personnes en 2012. Très vite, les regards se tournent vers le pangolin, sur lequel on découvre un autre virus : sa séquence n’est pas globalement proche de celui qui provoque le Covid-19, mais certaines de ses séquences le sont. D’où l’hypothèse, dominante un temps, que les deux virus ont pu se recombiner pour donner un virus proche du SARS-CoV-2 – poussant les autorités chinoises à interdire la commercialisation du pangolin. "Mais depuis, les généticiens n’ont pas vu de trace prouvant que cette recombinaison ait eu lieu, et on n’a plus trouvé chez le pangolin de virus proche du SARS-CoV-2", explique Éric Muraille.

"Si on fait une photo des hypothèses actuelles, le vison et d'autres animaux élevés pour leur fourrure sont en tête, le pangolin est loin derrière, mais il peut très bien repasser en tête au tournant suivant", poursuit l'immunologiste de l’ULB. Car des chercheurs se sont aperçus que les visons élevés en batterie étaient très susceptibles au virus, et qu'il pouvait évoluer très rapidement dans ces élevages. "Des dizaines de milliers de visons et renards sont élevés en batteries au contact d’humains et dans des conditions où les chauves-souris peuvent envahir les hangars. La possibilité est grande que le virus ait eu l’occasion de circuler entre ces animaux et l’humain et de faire un ‘saut d’espèce’ - c’est un scénario très commun pour les virus influenza", explique Éric Muraille.

Où la transmission a-t-elle eu lieu?

Dans la quête d’un lieu de contamination entre l’animal et l’humain, les regards se sont rapidement tournés vers le grand marché Huanan de Wuhan, où travaillent 12.000 personnes et où s’échangent notamment des animaux vivants. La note qui encadre la mission des experts de l’OMS souligne que 70% des 41 premiers cas identifiés y étaient liés. "On s’est rendu compte que les animaux d’élevage comme le vison étaient aussi présents sur le marché", indique Éric Muraille. Mais dans une longue enquête sur les origines du virus, Le Monde souligne aussi que quatre des cinq premiers cas ne fréquentaient pas ce marché. Ce qui renforce l’idée que le marché a pu être une caisse de résonance du virus plutôt que son lieu de naissance. La piste des batteries d’élevage d’animaux à fourrure a donc le vent en poupe, alors que la Chine est l’un des trois principaux pays producteurs - avec le Danemark et la Pologne.

"Pour remettre vraiment en question le scénario de l’émergence du virus en Chine, il faudrait une preuve: le séquençage du virus dans un échantillon antérieur à la pandémie chinoise."
Éric Muraille

Mais pour l’heure, les chercheurs chinois ont surtout publié sur les animaux sauvages. Les médias d'État chinois ont de leur côté fait courir l'idée d'une contamination importée - par des produits alimentaires surgelés, ou des Jeux militaires mondiaux qui ont été organisés à l'automne 2019 à Wuhan. Le 11 novembre dernier, un article a alimenté la thèse selon laquelle le virus a pu être présent en Europe avant la déclaration de l’épidémie en Chine. En étudiant des échantillons de sang, l'équipe de Giovanni Apolone a établi la présence en Italie d’anticorps qui reconnaissent les antigènes du virus dès septembre 2019. "Cela pose question. Mais il est difficile d’établir si les personnes en question avaient ces anticorps capables de reconnaître le virus parce qu’elles ont été en présence du virus, ou simplement parce qu’elles ont été infectées par un virus proche, non pathogène, une réaction croisée est possible", explique Éric Muraille. Le virus lui-même n’a pas été détecté dans les échantillons de sang italiens. "Pour remettre vraiment en question le scénario de l’émergence du virus en Chine, il faudrait une preuve: le séquençage du virus dans un échantillon antérieur à la pandémie chinoise." 

Pourquoi savoir est si important  

La quête des treize envoyés de l’OMS est semée d’embûches, à commencer par la décision des autorités chinoises d’attendre plus d’un an avant de leur donner accès au terrain, et l’exigence qu’ils s’appuient sur les recherches déjà faites en Chine plutôt que de les répliquer. Jusqu’à présent: "Les Chinois ont systématiquement privilégié la piste de l’animal sauvage, poursuit Éric Muraille. Mais il faut être prudent avec l’idée que le gouvernement chinois voudrait forcément étouffer certaines choses. Il peut aussi y avoir des biais cognitifs dans leur approche."

"C'est pratiquement une question de survie de comprendre."
Éric Muraille

Trouver les causes de cette pandémie est la seule manière de prévenir ou de détecter les prochaines, souligne encore l’immunologiste. Les hypothèses dominantes pourraient conduire à la conclusion qu'il faut changer les conditions d'élevage ou interdire le commerce d'animaux sauvages, estime-t-il. "On a vu ce que donne cette crise alors qu'on est face à un virus qui induit une faible mortalité. Le MERS-CoV, c'était 30% de mortalité. On peut se retrouver à l'avenir face à des pathogènes beaucoup plus mortels. C'est pratiquement une question de survie de comprendre."

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